GEP UCSC Genome Browser

O GEP UCSC Genome Browser Mirror at WUSTL

Ta strona jest lokalnym lustrem UCSC Genome Browser. Zawiera sekwencje referencyjne i robocze projekty złożeń dla wielu genomów Drosophila obecnie anotowanych przez studentów uczestniczących w GEP. Asemblacje te różnią się od tych na stronie UCSC Genome Browser. Mamy nadzieję, że nasze zestawienia okażą się przydatne.

UCSC Genome Browser jest rozwijany i utrzymywany przez Genome Bioinformatics Group, międzywydziałowy zespół w UC Santa Cruz Genomics Institute na Uniwersytecie Kalifornijskim w Santa Cruz (UCSC). To lustro Genome Browser jest utrzymywane przez Genomics Education Partnership na Washington University w St. Louis (WUSTL).

Recent Updates

26 sierpnia 2018 – 28 Drosophila Assemblies Now Available

Przeglądarki genomów dla całych zespołów genomów 28 gatunków Drosophila są już dostępne. Dostępne przeglądarki genomów obejmują D. melanogaster, 11 gatunków zsekwencjonowanych przez Drosophila 12 Genomes Consortium, 8 gatunków zsekwencjonowanych przez modENCODE i 8 dodatkowych gatunków, które są sklasyfikowane jako reprezentatywne genomy NCBI RefSeq. Wszystkie gatunki z wyjątkiem D. navojoa mają ścieżki dowodowe oparte na danych RNA-Seq (tj. pokrycie odczytów, przewidywania węzłów splice junction, zmontowane transkrypty). Ścieżka dowodowa „Drosophila Gnomon Transcripts” w każdym złożeniu pokazuje wyrównania do transkryptów z pozostałych 27 gatunków Drosophila.

30 kwietnia 2015 – Nine New Drosophila Assemblies Now Available

Zespoły genomów dla ośmiu z tych gatunków Drosophila zostały wyprodukowane przez Baylor College of Medicine Human Genome Sequencing Center (BCM-HGSC) w ramach projektu modENCODE. Zespół Drosophila suzukii został wyprodukowany przez Beijing Genomics Institute w ramach projektu Spotted Wing Drosophila Project.

07 sierpnia 2014 – D. melanogaster Release 6 Assembly

Wstępna wersja przeglądarki genomu dla złożenia D. melanogaster release 6 („July 2014 (BDGP R6)”) jest już dostępna poprzez stronę Genome Gateway. Zgromadzenie release 6 zostało wyprodukowane przez Berkeley Drosophila Genome Project, a adnotacje pochodzą z FlyBase release 6.01.

Warunki użytkowania

Dodaj komentarz

Twój adres email nie zostanie opublikowany. Pola, których wypełnienie jest wymagane, są oznaczone symbolem *