GEP UCSC Genome Browser

Over de GEP UCSC Genome Browser Mirror bij WUSTL

Deze site is een lokale mirror van de UCSC Genome Browser. Hij bevat de referentiesequentie en werkontwerpen van assemblages voor veel Drosophila-genomen die momenteel geannoteerd zijn door studenten die deelnemen aan het GEP. Deze assemblages verschillen van die op de UCSC Genome Browser web site. We hopen dat u onze assemblages nuttig vindt.

De UCSC Genome Browser wordt ontwikkeld en onderhouden door de Genome Bioinformatics Group, een inter-departementaal team binnen het UC Santa Cruz Genomics Institute van de University of California Santa Cruz (UCSC). Deze Genome Browser mirror wordt onderhouden door het Genomics Education Partnership van de Washington University in St. Louis (WUSTL).

Recente Updates

26 augustus 2018 – 28 Drosophila Assemblies Nu Beschikbaar

De genoombrowsers voor de volledige genoomassemblies van 28 Drosophila-soorten zijn nu beschikbaar. De beschikbare genoombrowsers omvatten D. melanogaster, de 11 soorten die zijn gesequenced door het Drosophila 12 Genomes Consortium, de 8 soorten die zijn gesequenced door modENCODE, en 8 extra soorten die zijn geclassificeerd als NCBI RefSeq representatieve genomen. Alle soorten behalve D. navojoa hebben bewijssporen op basis van RNA-Seq gegevens (d.w.z. leesdekking, voorspellingen van splitsingsknooppunten, geassembleerde transcripten). De “Drosophila Gnomon Transcripts” evidence track in elke assemblage toont de uitlijningen tegen de transcripten van de andere 27 Drosophila soorten.

30 april 2015 – Negen nieuwe Drosophila Assemblies nu beschikbaar

De genoom-assemblages voor acht van deze Drosophila soorten zijn geproduceerd door het Baylor College of Medicine Human Genome Sequencing Center (BCM-HGSC) als onderdeel van het modENCODE project. De Drosophila suzukii assemblage werd geproduceerd door het Beijing Genomics Institute als onderdeel van het Spotted Wing Drosophila Project.

07 aug. 2014 – D. melanogaster Release 6 assembly

Een eerste versie van de genoombrowser voor de D. melanogaster release 6 assembly (“July 2014 (BDGP R6)”) is nu beschikbaar via de Genome Gateway pagina. De release 6 assemblage is geproduceerd door het Berkeley Drosophila Genome Project en de annotaties zijn van FlyBase release 6.01.

Gebruiksvoorwaarden

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *