GEP UCSC Genome Browser

About the GEP UCSC Genome Browser Mirror at WUSTL

このサイトはUCSC Genome Browserのローカルミラーです。 現在GEPに参加している学生がアノテーションしている多くのショウジョウバエゲノムの参照配列とワーキングドラフトアセンブリーが含まれています。 これらのアセンブリーは、UCSC Genome Browser Webサイトのものとは異なります。 ぜひお役立てください。

UCSC Genome Browser は、カリフォルニア大学サンタクルーズ校 (UCSC) の UC Santa Cruz Genomics Institute 内の学部横断的なチームである Genome Bioinformatics Group によって開発・維持されています。 このゲノムブラウザのミラーは、ワシントン大学セントルイス校 (WUSTL) の Genomics Education Partnership によって維持されています。

Recent Updates

26 August 2018 – 28 Drosophila Assemblies Now Available

ショウジョウバエ28種の全ゲノムアセンブリーのゲノムブラウザが利用可能になりました。 利用可能なゲノムブラウザには、D. melanogaster、Drosophila 12 Genomes Consortiumで配列決定された11種、modENCODEで配列決定された8種、さらにNCBI RefSeqの代表的なゲノムに分類される8種が含まれています。 D. navojoaを除くすべての種には、RNA-Seqデータに基づいたエビデンストラックがあります(リードカバレッジ、スプライスジャンクション予測、アセンブルされた転写産物など)。 各アセンブリの「Drosophila Gnomon Transcripts」エビデンストラックでは、他の27種のショウジョウバエからの転写物に対するアライメントを示しています。

30 April 2015 – Nine New Drosophila Assemblies Now Available

これらショウジョウバエ8種のゲノムアセンブリーは、modENCODEプロジェクトの一環として、ベイラー医科大学ヒトゲノムシーケンスセンター(BCM-HGSC)によって作成されたものです。 Drosophila suzukiiのアセンブリは、Spotted Wing Drosophila Projectの一環としてBeijing Genomics Instituteによって作成されました。

07 Aug. 2014 – D. melanogaster Release 6 Assembly

D. melanogaster release 6 assembly (「July 2014 (BDGP R6)」) のゲノムブラウザの初期バージョンが Genome Gateway ページから利用できるようになりました。 release 6 assemblyはBerkeley Drosophila Genome Projectによって作成され、アノテーションはFlyBase release 6.01のものを使用しています。

使用条件

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