GEP UCSC Genome Browser

Sul GEP UCSC Genome Browser Mirror at WUSTL

Questo sito è un mirror locale del UCSC Genome Browser. Contiene la sequenza di riferimento e le bozze di assemblaggio per molti genomi di Drosophila attualmente annotati dagli studenti che partecipano al GEP. Questi assemblaggi differiscono da quelli del sito web UCSC Genome Browser. Ci auguriamo che troviate utili i nostri assemblaggi.

L’UCSC Genome Browser è sviluppato e mantenuto dal Genome Bioinformatics Group, un team interdipartimentale all’interno dell’UC Santa Cruz Genomics Institute della University of California Santa Cruz (UCSC). Questo specchio del Genome Browser è mantenuto dalla Genomics Education Partnership della Washington University di St. Louis (WUSTL).

Aggiornamenti recenti

26 agosto 2018 – 28 assemblee di Drosophila ora disponibili

I genome browser per gli assemblee del genoma intero di 28 specie di Drosophila sono ora disponibili. I genome browser disponibili includono D. melanogaster, le 11 specie sequenziate dal Drosophila 12 Genomes Consortium, le 8 specie sequenziate da modENCODE, e 8 specie aggiuntive che sono classificate come genomi rappresentativi NCBI RefSeq. Tutte le specie tranne D. navojoa hanno tracce di prove basate su dati RNA-Seq (cioè copertura di lettura, previsioni di giunzione di splice, trascrizioni assemblate). La traccia delle prove “Drosophila Gnomon Transcripts” in ogni assemblaggio mostra gli allineamenti con i trascritti delle altre 27 specie di Drosophila.

30 aprile 2015 – Nove nuovi assemblaggi di Drosophila ora disponibili

Gli assemblaggi del genoma di otto di queste specie di Drosophila sono stati prodotti dal Baylor College of Medicine Human Genome Sequencing Center (BCM-HGSC) come parte del progetto modENCODE. L’assembly di Drosophila suzukii è stato prodotto dal Beijing Genomics Institute come parte dello Spotted Wing Drosophila Project.

07 agosto 2014 – Assemblaggio D. melanogaster Release 6

Una versione iniziale del browser del genoma per l’assembly D. melanogaster release 6 (“Luglio 2014 (BDGP R6)”) è ora disponibile attraverso la pagina Genome Gateway. L’assembly release 6 è stato prodotto dal Berkeley Drosophila Genome Project e le annotazioni sono tratte dalla release 6.01 di FlyBase.

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